Der erste Kieler Bahnhof wurde 1843 bis 1846 am Ziegelteich (zugeschüttet zwischen 1865 und 1876), rund 500 Meter nördlich des jetzigen Standortes, errichtet.
Dieser Bahnhof war dem wachsenden Verkehr nicht mehr gewachsen. Der jetzige Standort verbesserte die Zufahrtsmöglichkeit zum Hafen für den Straßenverkehr. Der Bau begann 1895.
In den 1950er Jahren wurde das Bahnhofsumfeld umgestaltet. Insbesondere wurde die westlich des Bahnhofs gelegene zuführende Straße Sophienblatt stark verbreitert. Dazu wurden die Gebeine des 1793 angelegte St.-Jürgen-Friedhof 1955 umgebettet und die 1904 gebaute St.-Jürgen-Kirche abgerissen.
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